Była to najznamienitsza, najbardziej znana i największa w Europie do wybuchu II wojny światowej hodowla koni szlachetnych.
Królewska Stadnina Koni w Trakenach (Hauptgestüt Trakehnen) była prawdziwym "klejnotem w koronie" Prus Wschodnich.
Zgromadzony materiał pochodził z różnych hodowli państwowych rozrzuconych po całym kraju. Stado było mieszanką najrozmaitszych typów i ras. Dopiero w 1786 roku Naczelny Koniuszy K. Lindenau ostro przeselekcjonował materiał hodowlany, a stado klaczy podzielił według typu, kalibru, maści i ulokował na pięciu oddziałach. Ten podział na stada przetrwał do końca istnienia stadniny, tj. do roku 1944.
Początek XIX w. to kolejne rewolucyjne zmiany w hodowli trakeńskiej. Zapoczątkowano organizowanie wystaw hodowlanych i premiowanie materiału zarodowego. Koniowi trakeńskiemu nadano typ bardziej wierzchowy poprzez stanowienie ogierami pełnej krwi angielskiej, stosowano intensywny wychów młodzieży i obfite żywienie, wzmocniono kaliber, powiększono ramy i wzrost koni. Pogłowie stało się bardzo wyrównane i zaczęła się tworzyć swoista rasa trakeńska.
Koniec XIX wieku to starania hodowlane w kierunku konia trakeńskiego cięższego kalibru, stosowano intensywny wychów, trening wytrzymałościowy młodych koni, selekcję na dzielność i staranny dobór osobników do kojarzenia. Młode ogiery przeznaczone na reproduktory, jak również klacze wybrane na matki, przechodziły zaprawę w zakładzie treningowym a potem na torze wyścigowym dla półkrwi. Dużymi zasługami mógł poszczycić się ogier Perfectionist xx 1899 (Persimmon - Perfect Dream), który był niewątpliwie najlepszym folblutem, jakiego miały Trakeny w pierwszej połowie bieżącego stulecia oraz jeden z najznakomitszych ogierów trakeńskich ostatnich czasów - Tempelhüter urodzony w 1905 roku.
Stadnina w Trakenach istniała do 1944 roku. 16 października rozpoczęto ewakuację na zachód. Polskim akcentem tej ewakuacji jest siwy Fetysz oo prowadzący ewakuację koni z majątku Bajorgallen. Duża ilość ewakuowanych na zachód koni nie dotarła do miejsca przeznaczenia i zakończyła swoją drogę na zamarzniętym Zalewie Wiślanym. Część pozostała w Prusach Zachodnich i na Pomorzu, większość wpadła w ręce rosyjskie, a pozostałe trafiły do polskiej hodowli. Wiosną 1945 roku na teren dzisiejszych Niemiec przybyło ok. 1500 szlachetnych klaczy. W końcu czerwca 1945 roku Stadnina Ratzenburg w Holsztynie przyjęła stawkę koni ze Stadniny w Trakenach: 2 ogiery czołowe, 28 klaczy matek i 6 źrebiąt. Spośród tej grupy, 22 oryginalne klacze, na podstawie umowy kupna z dnia 1.10.1947 roku przeszły na własność późniejszego Związku Trakeńskiego (Trakehner Verband). W roku 1947 zarejestrowanych zostało ok. 700 klaczy i 60 ogierów trakeńskich.
Współczesny koń trakeński, to koń wszechstronnie użytkowy, w nowoczesnym typie sportowym, o wydatnych i efektownych ruchach i dużych możliwościach skokowych. Koń trakeński posiada swoich zwolenników i sympatyków na całym świecie. Pod patronatem niemieckiego Związku Trakeńskiego w 10 krajach działają siostrzane organizacje zrzeszające hodowców i przyjaciół konia trakeńskiego